為了更好地向公眾展示這些珍貴標本，北京自然博物館的基本陳列以生物進化為主線，展示了生物多樣性以及與環境的關系，構筑起一個地球上生命發生發展的全景圖。古生物陳列廳向我們展示了生物的起源和早期的演化進程，透過化石的印痕，人們似乎又看到了已經滅絕的生物。這些生物的遺跡，似乎帶領人們穿越時空，聆聽來自遙遠太古代的聲音；而植物陳列廳又似一部綠色的史詩，敘述著植物億萬年的演變。由水生到植物登陸，即使是一朵花的盛開，即使是一粒種子的傳播，都蘊藏了無數的奧秘，留給我們無數的疑問；動物陳列廳，則向我們講述了這些“人類的朋友”身上的奧秘，這里將世界上最具代表性的野生動物及其生態環境還原再現，生動地向我們展示了動物之美，動物界的神奇；人類陳列廳，讓我們一睹人類由來的壯闊歷史。由猿到人，歷經萬年，才有今日的容顏。一個人的誕生，看似平淡無奇，卻展示了大自然的鬼斧神工。

　　北京自然博物館，向來不是一個枯燥的說教場所，根據青少年心理特點新開辟的互動式探索自然奧秘的科普教育活動場所，吸引了無數熱愛自然的青少年朋友。“動物之美”、“恐龍世界”等，又讓孩子們在歡樂輕松的氛圍中，探索自然，熱愛科學。

　　在常規展覽之外，北京自然博物館還不定期的推出各種各樣的臨時主題展覽，例如“猛犸象”、“達芬奇科技”、“人體的奧秘”以及連續12年推出的“動物生肖”展覽等都產生了比較大的影響。

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